生物肥料從最初的根瘤菌劑到細菌肥料，再到今天的生物肥料，從名稱上的演變已說明我國生物肥料逐步發展的過程。目前國際上已有70多個國家生產、應用和推廣生物肥料，我國目前也有500家左右企業年產約數百萬噸生物肥料應用于生產。這雖與同期化肥產量和用量不能相比，但的確已開始在農業生產中發揮作用，取得了一定的經濟效益和社會效應。隨著研究的深入和應用的需要，應不斷擴大生物肥料新品種的開發。
其發展趨勢如下：由單一菌種向復合菌種轉化。在這個轉化過程中，一是不要單純去追求營養元素供應水平的提高，要追求多功能，例如抗病、避蟲等，如5406菌種可增強作物的抗病能力，減少化學農藥的使用;聯合菌群的應用可使菌種某種或幾種性能從原有水平再提高一步，使復合或聯合菌群發揮互惠、協同、共生、加強、同位作用，排除相互拮抗的發生。二是要延長微生物在土壤中的存活時間，微生物存活的時間越長，生物肥的特效期越長。微生物在土壤中存活時間的長短，主要取決于土壤中可利用的碳源水平，可在生物肥中加入一種能夠分解土壤中含碳化合物的菌株，以不斷供應其它微生物碳源營養，達到延長微生物在土壤中存活時間的目的。
由單純生物菌劑向復合生物肥轉化。由過去單純的硅酸鹽菌劑、土壤磷活化劑、根瘤菌劑、固氮菌劑等向生物菌劑與營養元素(氮、磷、鉀等元素，微量元素)、有機肥、抗生素等復合的復合生物肥轉化。這種轉化有利于實現生物肥與生物藥的結合，增強肥料的多功能作用效果。
由單一劑型品種的向多元化轉化。為適應不同的條件，生物肥料除有液體劑型、草炭載體的粉劑，還有顆粒劑型、凍干劑型、礦油封面劑型等。生物肥料作為生物技術的發展及其在農業生產中應用，正在醞釀一個良好的發展空間，由低級向高級、由低效到高效并向產業化方向發展。
生物肥料開發對我國農業可持續發展具有重要意義，生物肥料將與化肥、有機肥一起構成植物營養之源。因此，生物肥料與化學肥料是相互配合、相互補充，它不僅是化肥數量上的補充，更主要的是性能上的配合與補充。生物肥料只有與有機肥料和化學肥料同步發展，才更具有廣闊的應用前景。
